Teatrul „Eugene Ionesco” din Chişinău a fost recunoscut de către Ministerul Culturii și oficializat ca instituție de Stat, printr-un ordin semnat de ministrul Ion Ungureanu, în data de 11 septembrie 1991. Până la data constituirii sale oficiale, exista doar o trupă de actori, absolvenţi ai Şcolii Superioare de Teatru „Boris Şciukin” de la Moscova, dornici de a se afirma. Reîntorşi la Chişinău după studii, tinerii artişti debutează pe scena Teatrului „Luceafărul”, rămânând însă, uniţi într-o aspiraţie comună – de a crea o formulă nouă de teatru. În urma eforturilor depuse de către conducătorul echipei, Petru Vutcărău, visul lor a devenit realitate, a luat naştere o nouă instituţie teatrală, dar şi o nouă manifestare culturală.

Ideea de a conferi Teatrului numele lui Eugene Ionesco nu o fost întâmplătoare. Primul spectacol cu care s-a lansat noul teatru a fost „Cântăreața cheală” , care este și prima piesă scrisă de Eugene Ionesco. Acordul marelui dramaturg francez de origine română, ca un teatru din Chișinău să-i poarte numele, a fost primul trofeu obţinut de către descendenţii şcolii vahtangoviene. Chiar de la primele spectacole („Așteptându-l pe Godot”, „Cântăreața cheală”, și

„Regele Moare”) Teatrul Eugene Ionesco impune un nou limbaj teatral, un stil nou, personal. Maniera inconfundabilă pe care o vor adopta şi perfecţiona în timp, va atrage foarte curând atenţia publicului, a criticilor de teatru naţionali, dar şi de peste hotarele ţării.

În stagiunea 1992 – 1993, a treia promoție de absolvenți moldoveni ai Şcolii de Teatru ,,Boris Şciukin” din Moscova vine să completeze trupa teatrului, aceasta marcând începutul celei de-a doua perioade de ascendență a teatrului.

În anul 1993, Teatrul „Eugene Ionesco” devine membru ITEM (Informal European Theatre Meeting), fiind prima instituție de acest gen din Moldova care se include în circuitul teatral european și internațional.

În 1994, Teatrul organizează și desfășoară, la inițiativa directorului Val Butnaru, împreună cu Ministerul Culturii al Republicii Moldova, primul Festival Internaţional de Teatru din ţară – Bienala Teatrului Eugene Ionesco, BITEI – un eveniment cultural unic în Republica Moldova.

Anul 2001 marchează, într-un fel, începutul celei de-a treia perioade în istoria TEI, legată de venirea în bloc a unui nou grup de actori – absolvenți ai Academiei de Muzică, Teatru și Arte Plastice. În această perioadă teatrul își amplifică spectrul activităților – abordează teme noi, dezvoltă în continuare tradiția „spectacolelor mari”, acordă o atenție sporită dramaturgiei moderne naționale și internaționale, cu un pronunțat aspect social, colaborează cu regizori invitați cum ar fi: Kenneth Campbell (SUA), Moshe Yassur (SUA), Charles Lee(Franța), Alex Berceanu(România), Chris Nedeea(România), Nugzar Lordkipanidze (Georgia) Ion Sapdaru (România), șirul numelor urmează ulterior. Teatrul lansează noi regizori, care mai târziu devin nume notorii în regia autohtonă: Sandu Cozub, Vitalie Drucec, Veaceslav Sambriș. Realizează coproducții cu companii din străinătate: Les Oiseaux de Passage (Franța), Hachimaru (Japonia), Kaze (Japonia). Unul dintre cele mai importante proiecte din această perioadă a fost spectacolul Mașinăria Cehov în regia lui Petru Vutcărău, după piesa lui Matei Vișniec, realizat în limba franceză și jucat ulterior la Bucureşti, Paris, Chișinău și în mai multe orașe din Franța și Japonia.

De-a lungul a 25 de ani, Teatrul Eugene Ionesco a efectuat zeci de  turnee și a participat la numeroase festivaluri internaționale în diferite colţuri ale lumii cum ar fi: Marea Britanie, Egipt, Estonia, Franţa, Georgia, Italia, Japonia, Pakistan, Polonia, România, Rusia, Spania, Turcia, Ucraina, Ungaria, Belarus, Coreea de Sud, ducând faima Republicii Moldova în lume și contribuind la promovarea imaginii țării noastre în plan internațional. În unul din interviurile sale, dramaturgul Matei Vișniec se exprimă despre Teatrul Eugene Ionesco, calificându-l drept Ambasadorul Cultural al Republicii Moldova în lume.

Interesul TEI față de problemele sociale, reflectate în dramaturgia modernă națională și internațională, se materializează în montarea spectacolelor Un orb și o oarbă pe culmile Caucazului și Oameni ai nimănui, de D. Crudu,  FuckYou EU.ro.PA! de N. Esinencu, Chip de foc de M. von Mayenburg.

În toate spectacolele sale, de-a lungul întregii activităţi, Teatrul Eugene Ionesco a fost fidel tradițiilor culturii naționale, încercând să le promoveze atât la sediu cât şi în numeroasele sale turnee în străinătate. În repertoriul curent al Teatrului există o varietate de genuri: comedii sociale, absurde, romantice, negre, drame, melodrame, monospectacole, etc.

În cadrul Festivalului, la inițiativa Ministrului Culturii, Monica Babuc, prin Hotărâre de Guvern, Teatrului Eugene Ionesco i se conferă prestigiosul titlul de Teatru Naţional.